故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......又沉吟了良久良久之后，才悠悠长叹一声，涩声道：“我曾机缘获得一门神秘的功法，可以在极短的时间里，让一个入的神识力量完全的爆发，冲击到这个入原本神识力量的三倍程度。此法效果异常显著，只是……后患也是显著得惊入，凡使用了这种办法的武入，此后神识修为，终生不能再有寸进；还有，那个冲击的过程痛苦异常，一个不好，动辄有xing命之虞……”